Compañía de Jesús. Colegio de San Pablo
Esta es la colección mas vasta de las que hay en la Biblioteca del Hospital Real. Las obras que la componen por su número y por su interés son de las mas valiosas.
En el inventario realizado por los padres franciscanos Pedro y Rafael Mohedano en 1769 arroja un total de 29.000 volumenes impresos; aunque en el siguiente inventario realizado por el Padre Juan Velázquez de Echevarría de 1785 sólo se registran 7.625 volumenes. Entre ellos están los incunables de Aegidius Romanus, San Alberto Magno, o Sebastian Brandt
Libros representativos de Compañía de Jesús. Colegio de San Pablo
Colección Montenegro
Pedro de Montenegro nació en Madrid en 1619 y murió en Granada en 1684. Ingresó en la Orden Jesuíta en 1633 y fue Rector de Cádiz y de Granada.
El fondo denominado colección Montenegro, es uno de los más singulares de la Biblioteca Universitaria, no solo por su número de obras (3.432), sino también por el contenido de estos, muchos de tema local.
Son en su mayoría impresos menores; la colección está constituida por una gran variedad documental, destacando: las alegaciones en derecho, como los porcones, reales cédulas y pragmáticas.
Otra parte considerable de la colección la constituye los sermones, y en menor número las relaciones de sucesos, documentos ocasionales, pero fundamentales para el conocimiento del contexto sociocultural de la época en que surgen.
Libros representativos de colección Montenegro
Colecciones de Colegios Mayores
La colección denominada Colegios Mayores engloba los documentos pertenecientes al Colegio Imperial de Santa Cruz de la Fe, fundado por el Emperador Carlos V; El Colegio de Santa Catalina Mártir, y el Colegio Mayor Reunido de Santa Cruz y Santa Catalina.
La historia de los distintos colegios corre paralela a la propia historia de la Universidad y su biblioteca. En sus inicios El Colegio Imperial de Santa Cruz de la Fe estuvo sometido a la jurisdicción eclesiástica, pero posteriormente pasó a depender de la Cámara de Castilla. El número de ejemplares ronda los 1500 documentos .